Brookhaven est la ville la plus importante du comté de Suffolk sur l’île de Long Island, dans l'État de New York, aux États-Unis. Sa population, au recensement de 2010, comptait 486 364 habitants. Sa superficie de 1 376,6 km² s'étend de la côte nord de l'île baigné par le Long Island Sound à la côte sud formé par la Fire Island donnant sur l'océan Atlantique.