初期データを投入する際に、 mysqldumpで出力した際に作られるようなSQLの形式になっている場合は、 mysqlクライアントで実行することでロードすることができました。しかし、 外部で用意されているデータはTSVやCSVといったデータで渡されることもあります。
The MySQL Workbench team has released the latest Release Candidate 5.0.15 of their new DBMS modeling tool. This includes quite a few recent bug fixes and it's now rapidly approaching the GA status.