Ubuntu on Windowsにおいて、デフォルトでインストールされるソフトウェアには限りがあり、必要なソフトウェアは随時自分でインストールしなければならない。ソフトウェアのインストール方法は、通常のUbuntu利用時と同様にapt-get(8)コマンドを使用して行う。